诚盘踞的长江下游大片地区后，又制服了浙东的方国珍，平定了福建的陈友定，并乘胜南进，攻克广东、广西。在实现了除四川、云南外的整个南部中国统一后，朱元璋不失时机地调集精锐部队实施北伐，同元朝封建政权展开最后的大决战。
这时的元朝政权在红巾军连续的沉重打击下，加之内部派系林立，矛盾重重，已是摇摇欲坠，日趋瓦解了。
至正二十七年（公元1367年）十月，朱元璋派徐达、常遇春率师北伐。大军出发前朱元璋亲自制定了一整套周密的作战计划：先取山东，拆除大都的屏障；再挥师河南，剪除其羽翼；然后夺取潼关，占据门槛。如此一来，天下形势全为其所掌握，最后进兵大都，元军势孤援绝，可不战而克。
北伐战争几乎完全按照朱元璋的计划顺利实施了。1367年十一月徐达率军挺进山东，3个月后，平定山东全境。继而兵分两路，胜科进军河南。到1368年四月间，北伐军包围大都的战略目标已告完成。
在北伐军横扫中原，直逼大都的时候，元军却在因皇位的争夺而忙于内战。待潼关失守，元顺帝才慌忙调集正内战不休的扩廓帖木儿（王保保）、李思齐的队伍，南下迎战。但腐败的元军哪里还有战斗力，逢战必溃。元顺帝眼见大势已去，深夜带着后妃太子狼狈逃往上都（今内蒙多伦）。第二年八月，徐达统领大军攻进大都，元朝政权宣告败亡。
接着，徐达、常遇春乘胜挥兵四进，攻占了北方诸省。1371年朱元璋又遣水陆两军，平定了四川。1382年平定了云南。1387年元朝丞相纳哈出降辽东。至此，除漠北新疆外，统一全国的大业已基本实现。
元至正二十八年正月，正当北伐军胜利攻克山东的时候，40岁的朱元璋在文武百官的欢呼声中，于应天正式登上帝位，国号大明，建元洪武，以应天为南京。立马氏为皇后，长子朱标为皇太子。以李善长、徐达为左右丞相。就这样，一个牧童和穷和尚，经过艰苦奋斗，终于成了我国历史上继刘邦之后，又一位出身布衣的开国君主。
还是在大明王朝建立的前夕，朱元璋将文武百官请到自己的身边，给大家出了个题目：元朝为什么会迅速土崩瓦解？不久将诞生的新王朝当务之急是什么？请大家各抒己见。高参刘基首先进言：“宋元以来，宽纵日久，当使纪纲整肃，然后才能实施新政。”
朱元璋感到言之有理，也深感大明朝的当务之急，应是制定法律，以法治国。根据朱元璋的命令，法律的制定工作加紧进行，到1397年正式颁布了几经修改的《大明律》。《大明律》简于《唐律》，严于《宋律》。《大明律》规定“谋反”、“谋大逆”者，不管主、从犯，一律凌迟，祖父、父、子、孙、兄弟及同居的人，只要年满16岁的都要处斩。对官吏贪污，处罚也特别重。犯有贪赃罪的官吏，一经查清，一律发配到北方荒漠中充军。官员若贪污赃银60两以上，将被处枭首示众、剥皮实草之刑。命在各府州县衙门左侧设皮场庙，就是剥皮的刑场，贪官被押到这里，砍下头颅，挂到竿子上示众，再剥下人皮，塞上稻草，摆到衙门公堂旁边，用以警告继任的官员。
朱元璋对自己制定的法律满怀信心，带头实行，而且执法是相当严厉，这在中国古代封建皇帝中是少有的。他的女婿、驸马都尉欧阳伦，凭着自己是马皇后亲生女儿安庆公主的丈夫，不顾朝廷的禁令，向陕西贩运私茶。后来河桥巡检司的一位小吏向朱元璋告发了此事。朱元璋立即下令赐死欧阳伦，同时还发了通敕令，表扬那位小吏不畏权贵的斗争精神。
朱元璋惟一的亲侄，开国功臣朱文正亦违法乱纪，他毫不留情废了他的官职。开国功臣汤和的姑夫，自以为有硬梆梆的靠山亲戚，就隐瞒常州的土地，不纳税粮，朱元璋也将他依法处死。
朱元璋还公开镇压了几起大贪污案，其中最大的是郭桓案。郭桓案发时为户部侍郎。洪武十八年（公元1385年），御史余敏等告发北京承宣布政使司、提刑按察使司的官吏李彧、赵全德等人，伙同郭桓贪污舞弊，吞盗官粮。朱元璋抓住线索，命令司法部门依法严加追查。这个案子后来又牵连到礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王杰、工部侍郎麦志德等高级官员和许多布政使司的官员。贪污盗窃的钱折成粮食达两千四百多万石。案件查清后，朱元璋下令将赵瑁、王惠迪等人弃尸街头。郭桓等六部侍郎及各地方布政使司以下的官员有上万人被处死。有牵连的官吏几万人被逮捕入狱，严加治罪。各地卷入这个案件的下级官吏、富豪，被抄家处死的不计其数。
为了加强对臣民的监视和控制，朱元璋专门设立了巡检司。当时，全国各府县的关津要冲之地，都由巡检司负责把关盘查，缉捕盗贼，盘诘j伪。百姓如果要到百里之外去，事先必须办妥路引，否则就通不过关卡。
洪武十五年（公元1382年），朱元璋又正式把自己身边负责警卫事务的亲军都尉府（前身是拱卫司）改为锦衣卫。秘密侦察大小官吏的活动，随时向朱元璋报告社会上不公不法之事。同时，还授予锦衣卫以侦察、缉捕、审判、处罚罪犯的一切大权。在锦衣卫内设立了特殊的法庭和监狱。将锦衣卫变成了正式的特务机构。
朱元璋在位的三十多年间，特务多如牛毛，遍布街巷路途，严密监视着朝野内外、文武官员的活动。吏部尚书吴琳已告老回到自己的家乡，但朱元璋对他仍不放心，便派特务到吴琳家乡去侦察其活动。特务来到稻田，只见一个农民模样的老人从小凳上站起来，便上前问道：“这里有个吴尚书吗？”老人回答：“敝人便是。”朱元璋听了特务的这一报告后非常高兴。
大学士宋濂一次在家设宴招待客人，第二天朱元璋问他，“昨天请客，喝酒了吗？做的什么菜？”宋濂如实做了回答。朱元璋笑道：“说得对，没骗我。”
国子监祭酒宋讷一天在家暗生闷气，偷偷监视他的特务竟把他这时的样子画了下来，上报皇上。朱元璋见了宋讷问道：“昨天你在家生什么闷气呀？”宋讷照实做了回答。他吃惊地问朱元璋如何知道此事，朱元璋将画像递给他，他展图一看，方才醒悟，慌忙磕头谢罪。还有一大臣一日无事，在家与妻妾玩麻将，无意中丢了一张二万，怎么找也找不着。第二天上朝，朱元璋问这个大臣昨天在家干什么，该大臣如实说是在家与妻妾玩牌，请皇帝恕罪。朱元璋听后说：“卿不欺我，朕不怪也。”说完从袖中摸出一张二万扔给了他。
朱元璋害怕受廷臣蒙蔽，常常和侍从易服微访，对臣僚进行私察。弘文馆学士罗复仁原是陈友谅的部下，刚正不阿，投奔了朱元璋后，常常犯颜直谏。朱元璋对他一直很不放心。一天，朱元璋亲自来到城郊的罗家私访。不巧，这天罗复仁和他的妻子正在家粉刷破旧的墙壁。他一见皇帝驾到，急忙叫妻子搬过小凳，请皇上坐。朱元璋环视了罗家的房舍家俱，见家贫如洗，十分感动，说：“贤士怎么能住这样破的房子呢！”马上下令赐给他一座城中的大宅第。
三、加强集权铲除功臣
建国以后，朱元璋借鉴历史上成败治乱的经验教训，大刀阔斧地开始了以改革旧制、建立高度中央集权为目标的宏伟事业。
朱元璋的体制改革是首先从地方机构开始的。元朝地方设置的行中书省，是从中央的中书省分设出来的。职官的设置同中央中书省一样，掌管着一个省的军政、民政、财政和司法等大权，地位显赫，权力很大。实际上一个行中书省，就是一个独立小王国。想当年，朱元璋还在奉小明王为主的时候，也做了几年江南行中书省的平章（丞相），所以他对设置行中书省的弊端看得最深切。
在一番准备之后，朱元璋于洪武九年（公元1376年），下令废除了地方上的行中书省，改设承宣布政使司，简称布政司。布政司设左、右布政使各一人。其权力范围也只限于民政和财政，按照皇上的意志管理地方政事。当时全国共设13个布政司。同时，地方上还设置了管理军事的都指挥使司和管理司法的提刑按察使司。三个机构彼此既各自独立，又相互牵制。同时直接听命于朝廷的指挥。
实现了对地方行政机构的改革之后，朱元璋又开始集中精力对中央政府机构实行改革，首先是总揽天下政事的中书省。本来中书省在中央的各个权力机构当中，位置最高，其行政长官左、右丞相，又负有统率百官之责。这样君权与相权、皇帝与丞相的矛盾最易激化。明初的第一任左、右丞相分别是李善长和徐达。李善长为人处世向来以小心谨慎著称，徐达则较多时间是带兵征战在外。他们都没有与皇上朱元璋形成大的矛盾冲突。但相位传给胡惟庸之后，事情就发生了变化。
胡惟庸是定远人，是开国第一号功臣李善长的女婿。他依仗着李善长这个后台当上了左丞相，在朝中大权独揽，独断专行，官员升降、生杀大事，都自作主张，不向朱元璋请示；朝野内外的报告，凡对自己不利的全扣下来；想做官、升官的人，失意的功臣、武将，都奔走他的门下；收受金银、绢帛、名马、玩物不计其数。他四处网罗自己的党羽，培植自己的亲信，组织自己的小集团，打击异己力量，称霸于朝。
胡惟庸如此胡作非为，不仅必然危及明王朝的安定，而且和权力欲极强的朱元璋，也必然会发生尖锐的冲突。朱元璋下决心寻找机会要除掉这个心腹大患，以巩固皇权。一天，胡惟庸的儿子乘马车在南京城里招摇过市，不小心从车上跌下来摔死了，胡惟庸将车夫私刑处死。朱元璋知道后，十分气愤，他非要胡惟庸偿命不可，胡惟庸请求，向车夫家人赔偿金帛以了此事。朱元璋坚决不准。胡惟庸听了十分紧张，遂坚定了起事政变的决心。
洪武十三年正月，胡惟庸入奏，诡称其住宅中井出醴泉，请朱元璋去观看。朱元璋好大喜功，信以为真，也就匆匆驾出西华门。他正行进中，突然内使云奇冲上跸道，拦住车马，慌忙中一时几不成声。朱元璋以为不敬，即令左右侍卫棍锤乱下。云奇右臂顿时被砸断，但他仍用左手指点胡惟庸的宅第。朱元璋猛悟，急忙返驾登城，远远望见胡惟庸宅第中绕有兵气，以此定胡惟庸谋逆，立即发羽林军逮捕胡惟庸，将其抄家灭族。同时宣布撤销中书省，罢除丞相，提高吏、户、礼、兵、刑、工等六部的地位。由六部分理朝政，直接对皇上负责。并且规定，后代皇帝不得再立丞相，大臣中如果有奏请再立者，处以重刑。
胡惟庸被诛后，朱元璋顺藤摸瓜，借题发挥，将那些行为跋扈的、心怀不满的、危及皇家统治的，都统统被罗织为胡党罪犯，处死抄家。胡惟庸案株连蔓引，先后持续了数年。前后共杀掉了官员3万多人。连位居“勋臣第一”年迈退休在家，已77岁的李善长，及全家70多口人也一起被杀。
朱元璋在继废中书、罢丞相之后，又对中央监察、审判机关进行了一系列的改革和调整。原先，中央的监察机关称御史台。洪武十五年（公元1381年），朱元璋改为都察院，下设13道，110名监察御史。其职权是纠劾百官，辨明冤枉。凡是大臣j邪，小人构党，擅作威福，扰乱朝政的；或是贪污舞弊，心术不正，变乱祖制的，都要检举弹劾。
这些监察御史本来只是七品官，但在朝可监察一切官僚机构，出使到地方则是代表皇帝出巡，小事立断，大事可直接报告皇上裁决。
经过这样一番改革整顿，朱元璋的皇权确实是强化了。但皇帝的政务也随着繁重起来了。过去政务有丞相协助，现在朱元璋一人独揽大权，事无巨细，从清早到深夜，他绝大部分时间都用在处理政务和批阅文件上，就是吃饭他也在想着政务，每想到一事，就顺手写在纸上，别在衣服上。有时事情记得多了，纸挂得满身都是。
政务的纷繁使朱元璋喘不过气来，长此下去，不是皇帝身体要累垮，就是延误军国大事。为此朱元璋于洪武十五年，设置了华盖殿、文华殿、武英殿、文渊殿、东阁等殿阁大学士，由品级比较低的编修、检讨、讲读等官来充任，以帮助朱元璋来阅读奏章，处理起草文书，以备顾问。昔日的忙乱现象逐渐改观了。
朱元璋发迹于红巾军，称帝后自然特别重视加强对军队的控制。原统领全国军队的是大都督府，朱元璋任命自己的亲侄儿朱文正为大都督，为全国最高的军事长官。后来朱元璋觉得大都督府权力太大，便于洪武十三年，在废中书省的时候，把大都督府也一分为五。设立了左、右、中、前、后五军都督府，分统全国军队。各都督府只管军籍、军政，没有指挥和统帅军队的权力。兵部有颁发军令、铨选军官之权，也不能直接指挥和统率军队。发生战事需要指挥调动军队时，由皇帝亲自任命军事统帅，兵部颁布调兵命令。战事结束后，军归卫所，主帅还印。
经过这样一番改革，避免了悍将跋扈、骄兵叛乱的弊端，更重要的是军权集中到皇帝手中了。不过朱元璋对将领们还是不放心。后来他又采取分封藩王的制度，把他的儿子分别封到各重要城镇去做亲王，用以监视控制各地的军事将领。这些分封的藩王按规定都配有护卫兵，少者有3000人，多的可达19000多人。他们还有指挥当地卫所守镇兵的大权。遇有突发事件，封地里的卫所守镇兵，在接到盖有皇帝御宝文书的同时，将领们还必须有藩王的令旨，才能调动。
随着朱家王朝的建立和巩固，昔日与朱元璋枪林弹雨、风雨同舟的将领，现在成了新王朝的新显贵。他们官封公侯，爵显禄厚，在个个弹冠相庆之余，有的渐渐骄横放纵起来。
开国大将蓝玉是洪武后期的主要将领。他麾下骁将10数人，威望都很高。蓝玉作战非常勇敢，立有赫赫战功，官封凉国公。他自恃功劳大，便骄傲起来，恃势横暴。他家里私蓄奴婢假子有数千人之多，到处敲榨勒索、霸占民田。百姓向御史告状，御史官依法提审，蓝玉竟一顿乱棍把他打走。政府明令禁贩私盐，他却令家人进行走私活动。他北征归来夜过喜峰关，守关将士因为没有及时开关迎接，他竟纵兵毁关而入。
这些勋臣宿将们的腐化堕落，不仅严重地妨碍了朱元璋统治效能的提高，而且有功高震主之嫌。为了大明江山的长治久安，朱元璋在洪武二十六年开始对蓝玉这些功臣展开了无情的镇压。
1393年，锦衣卫告发蓝玉谋反，朱元璋得此信即命锦衣卫发兵掩捕。朱元璋亲自审讯，继交由刑部锻炼成狱。蓝玉被砍头，并抄斩三族。凡与蓝玉有接触的朝臣，列侯均坐党夷灭。蓝玉案先后诛杀15000多人，把军队中功高位显的元勋宿将，几乎一网打尽。
除胡惟庸、蓝玉两案外，所剩无几的功臣也先后被以各种罪名赐死、鞭死或砍头。徐达被朱元璋列为开国功臣第一，他生背疽，这病最忌吃蒸鹅。朱元璋在他病重时偏偏赐蒸鹅给他吃。徐达知道皇帝是在要自己的命，只好含着泪水，当着使臣的面吃下了蒸鹅。没有几天，徐达就辛酸地离开了人世。功臣冯胜、傅友德、廖永忠、朱亮祖等也因失宠，先后被处死。
这样，功臣宿将能够善终的寥寥无几。只有汤和这个和朱元璋同村长大的放牛娃，知道老伙伴现在对老臣宿将不放心，就主动交还兵权，告老还乡，绝口不谈国事，才保住了终身。
朱元璋对采取这种杀功臣立威，以猛治国的策略巩固自己统治的做法，虽然没有公开忏悔过，但在他行将告别人世的时候，曾下令后人不准学习。他说，这套办法只是权宜之计，他希望在他之后，大明朝能尽快步入封建法制的轨道，尽快出现一个繁荣安定的局面。
四、发展屯垦减轻赋役
朱元璋在对政治实行大刀阔斧、卓有成效的改革的同时，在大明王朝辽阔的版图上全面展开了医治战争创伤，恢复发展社会经济的工