附近的湄潭县作为新校址。本分校两次参加抗日作战，3次迁移校址，对学生完成学业影响甚大，但这批学生也在战火中得到了锻炼。
1945年10月，本分校奉命裁撤。凡未完成课程的各大队，分别将炮、工、通信兵科学生转送各专科学校继续学习。入伍生团未升学学生，也分别参加第20期学生升学考试，转往志愿兵科学校继续学习。
本分校各期毕业学生、学员：第12期学生1个总队，毕业学生780人；第13期学生1个总队，毕业学生717人；第14期学生1个总队，毕业学生724人；第15期学生1个总队，毕业学生1482人；第16期学生2个总队，毕业学生2127人；第17期学生6个总队，毕业学生5945人；第18期学生1个总队，毕业学生680人；第19期学生2个总队，毕业学生2912人。计有毕业学生14377人。各种班队毕业学员5079人。共毕业学生、学员19456人。
第5分校（昆明分校）：校址在云南省昆明市，其前身是云南陆军讲武堂，辛亥革命后改称讲武学校，后又改名为云南教导团。朱德、叶剑英
等著名将领毕业于此校。1935年9月16日，云南教导团改组为黄埔军校
昆明分校——云南陆军讲武学校旧址
昆明分校，主任唐继麟。1938年1月，改称中央陆军军官学校第5分校。1940年10月奉命实施丙种编制。
本分校成立之初，原在校受训的滇、黔绥靖公署军官队，改称学生大队。1936年招新生分步兵、炮兵、工兵、通信兵各科，计700人，训练时间原定为3年又4个月。后续招第14期，训练时间缩短为1年又6个月。1939年，招训第16期入伍生。当时抗日前线急需基层军官，故将第16期学生分甲、乙两级教育，同时学生名额增加到1500人。甲级生为期6个月毕业，乙级生为期1年毕业。1940年3月，招考第17期学生，录取120人，分步兵、炮兵、工兵3科，步兵科为期1年，炮兵、工兵科为期1年6个月毕业。1941年12月，第19期学生1300多人入校，并续招了第20、第21期学生。
1944年11月8日，本分校奉命改行新制，规定本分校收训学生总量为12个队，分步兵科6个队、炮兵科2个队、工兵科1个队、辎重兵科1个队、通信兵科2个中队。抗日战争胜利后，本分校奉命裁撤，未完成学业的学生于1946年2月并入成都本校，本分校至此结束。
本分校各期毕业学生、学员：第14期学生1个总队，毕业学生958人；第16期学生2个总队，毕业学生2856人；第17期学生1个总队，毕业学生1047人；第18期学生1个总队，毕业学生1104人；第20期学生1个总队，毕业学生577人。计毕业学生6542人。各种班队毕业学员2480人。共计毕业学生、学员8022人。
该分校旧址（讲武堂）建筑，具有浓厚的西南地区民族特色。现存主体建筑为“走马串过楼”式的两层砖木建筑，基本呈正方形四合院样式。东楼长1184米，西楼长1196米，南楼长1167米，北楼长1168米；东西楼宽10米，南北楼宽7米，四楼高12～15米。西楼为教室，东楼为办公室，南北楼为学生宿舍。四楼对称相接，浑然一体，四角有拱形门洞可出入。20世纪50年代初，驻人民解放军昆明步兵学校。90年代时主体建筑整修一新，被列为全国第3批重点文物保护单位。
第6分校（南宁分校）：该分校是一所政治学校。最初驻南宁，称中央军事政治学校第1分校。1926年5月16日，在南宁东部原陆军讲武堂旧址成立，负责人俞作柏、萧越、黄杰、甘丽初等。第1期学生受训18个月，分步、工、炮兵3个科目。1927年底第2期开学时，吕竟存接任校长。1928年6月1日，军校改为国民革命军陆军军官学校广西分校，后又称广西各部队干部训练所。1929年秋，改为陆军军官学校，迁桂林。1930年4月7日，改为中央陆军军官学校第1分校。1931年3月，军校校址迁往柳州，改为中国国民党中央军事学校第1分校。后校址迁回南宁，恢复中央军事政治学校第1分校原名，通常称为南宁分校。
1937年7月抗日战争全面爆发，全国军事政治统一于中央，遂改名为陆军军官学校第6分校，主任冯璜。1938年春，校址由南宁迁往桂林市郊外的李家村。这里依山靠河，有许多天然防空洞，名将蔡锷曾在这里建立学兵营。3月，本分校改名为中央陆军军官学校第6分校。设主任、副主任各1人，俞星槎任主任。1940年10月奉命实施丙种编制。
南宁分校门口1944年9月，桂柳会战爆发，11月军校被迫撤到宜山县怀远镇，后又迁往百色地区凌云县城。11月8日，本分校奉命改行新制，规定本分校收训学生总量为12个队，分步兵科6个队、炮兵科2个队、工兵科1个队、辎重兵科1个队、通信兵科2个队。抗日战争胜利后，本分校奉命裁撤，未完成学业的学生于1945年11月并入成都本校，本分校至此结束。
本分校历届各期毕业学生、学员：南宁分校第14期之前计毕业学生1335人；第14期学生1个总队，毕业学生1618人；第15期学生1个总队，毕业学生1357人；第16期学生1个总队，毕业学生1418人；第17期学生1个总队，毕业学生772人；第18期学生2个总队，毕业学生1871人。第14期后计有毕业学生7036人。各种班队毕业学员7081人。共毕业学生、学员15452人。
第7分校（西安分校）：1937年下半年，胡宗南部第17集团军参加淞沪抗战后，奉命转进安徽、河南，后开赴到陕西省凤翔一带整训。该集团军在行军沿途招收男女知识青年，申请入伍参加抗战者有200余人，编为抗日青年学生队，随军训练。另外还有以女大专学生李芳兰为首的30多人，立志从军抗日报国，编为随军服务团，参加军队的宣传和后勤工作。因此，该集团军为争取将战区敌后青年储备为抗日军事干部，在1937年12月底，呈准在西北地区筹备创办黄埔军校第7分校，校部驻甘肃天水。
1938年1月中旬，该分校将本集团军随军青年和天水训练班驻湘训练的第6期学生800余人，合编为第15期第2总队，另外附编一个女生队，在受训10个月后转入战干第4团。4月中旬，该分校奉命接收王曲特别训练班学生1800多人，还有驻终南山麓的江苏抗日青年团600余人，这时派往甘肃、宁夏、青海和山东、河南等地区所招收的1000余名学生，也先后到达。合并选编为第15期第3、第4、第5总队。这时的本分校已经增加到4个总队，分驻王曲、凤翔、天水、兰州等处。是年5月底，分校校部迁设西安之王曲，借用和修缮祠堂庙宇，作为校部办公的场所，修补挖掘窑洞作为学生的宿舍，平整河滩作为操场。
该分校组织设主任、副主任各1人，首任主任是胡宗南。训练单位有
遍地开花结果的12所分校(7)
西安分校常宁宫旧址
学生总队、战时补充军官训练总队、军官教育队、军需训练班、军官研究班、练习团、教导团等。1940年10月奉命实施甲种编制，1944年11月8日又奉命实行新制。新制规定：（1）收训步科学生20个中队，炮兵科、通信科学生各4个中队，工兵科、辎重科学生各3个中队，骑兵科学生2个中队。（2）将原有的练习团改制为特务团。（3）裁撤边区语文班。（4）原有附属于军医处的医院，改称为军医院。（5）各科学生大队，一律改为直隶校部，分别受兵科之指导。（6）各中队学生人数一律确定为108人。
抗日战争胜利后，1945年11月，该分校奉命裁撤，未毕业的学生拟并入成都本校继续学习。后来因为考虑到便于训练本分校学生，1946年1月在本分校原址成立西安督训处，继续负责训练。从1937年到1945年，本分校先后招训学生第15至第21期，在训学生有23个总队另3个大队。本分校各期毕业学生有：第15期学生分4个总队，毕业学生3745人；第16期学生分7个总队，毕业学生7935人；第17期学生分7个总队，1个炮科队，毕业学生8842人；第18期学生分1个总队2个大队，毕业学生3196人；第19期学生1个总队，毕业学生1297人。计有毕业学生25015人。各种班队学员毕业者共有10927人，其中包括1938年毕业的女生队189人。共计毕业学生、学员35942人。该分校招收的第20、第21期学生在成都本校毕业。
西安分校王曲旧址
第8分校（武当山分校）：抗战时期，中央陆军军官学校第8分校和第5战区长官司令部相继设在武当山下的湖北省均县草店镇和周府庵。1938年春，国民党第5战区所属部队在台儿庄重创日本侵略军后，部队即向豫、鄂西部地区转移，经汉川、浠水、宋埠、襄樊，于当年秋天到达老河口。当时襄樊系第5战区司令部所在地，而均县武当山则为防御作战的腹地。均县北隔汉水与河南毗连，西通陕西、四川，武当山为天然屏障，易守难攻，战略位置尤为重要。
1939年1月，第5战区干训团第1、第2期学生同时结业。结业的学生大部分到战区各部队任连、排长。这年冬天，蒋介石曾派黄埔一期毕业生贺衷寒前往武当山视察该团干部训练团。国民党当局以扩大干部训练团范围，统一军事训练机构之名，决定将干训团改名为中央陆军军官学校第8分校。本分校编组主任、副主任各1人。10月，蒋介石派徐祖诒为本分校副主任，主任由第5战区司令官李宗仁兼任。校址设于湖北省均县武当山下的草店，利用原有庙宇为校舍，开始筹备工作。
1940年2月，学生先后入校，开始预备教育，5月4日补行开学典礼。10月本分校实施丙种编制。1944年11月8日，本分校奉命施行新制：步兵科学生7个中队，炮兵科、辎重兵科、通信兵科学生各1个中队，工兵科学生两个中队。1945年5月，校址由湖北省均县迁往房县。
武当山地区作为第5战区大后方，有很多国民党军队的将领来过这里，如：第33集团军总司令张自忠将军曾到武当山视察，第32集团军第77军副军长兼第179师师长何基蚌，曾在周府庵办过军事干部培训班。本分校主任李宗仁常来校训导和讲话。
这期间，武当道众为支持抗战，积极协助和配合第5战区干训团和后来的第8分校培养抗日军事骨干。为了给干训团提供足够的房舍，他们把道人集中到其他宫观，只留少数道人护观。如周府庵原有100多名道人，只留9人看观，其余殿堂、房屋都提供给校总部使用。
该分校在办学期间，道人罗教佩、洪永寿、刘理山曾多次下山为学生治病，尤其是紫阳庵的14名道人，每天要为3～5个学生治疗跌打扭伤。道长赵远高原系张自忠部特务营的连长，1940年5月16日在枣阳与日军作战中右臂负伤，伤愈后到武当山出家，住金花村（冲虚庵），1943年至1944年间，多次应邀给驻扎金花村的第8分校学生授课，讲解对日军作战的方法。
1945年6月，该分校奉命裁撤。抗日战争胜利结束后不久，该分校于10月并入西安分校，12月正式停办。本分校历届毕业生有：第16期学生1个总队，毕业学生1431人；第18期学生1个总队，毕业学生858人。计毕业学生2289人。各种特别班毕业学员3442人。共计有毕业生5731人。
第9分校（迪化分校）：本分校的前身最早是杨增新、金树仁主政新疆时的讲武堂。1933年，盛世才任新疆督办时，改名为新疆军官学校。1942年初，蒋介石偕夫人宋美龄巡视新疆迪化（今乌鲁木齐），盛世才建议改组新疆军官学校，纳入黄埔军校建制，蒋介石对此正在欲求不得，立即欣然表示同意。3月27日，原新疆军官学校奉命改组为中央陆军军官学校第9分校，并以当时在训的第6期学生改为第18期，独立第6队及第7期改为第19期，独立第2大队（步兵科、骑兵科、炮兵科、通信兵科）等4个队及第8期改为第20期。
迪化分校教室遗址本分校校址原为新疆军官学校旧址，位于迪化东门与近山“一炮成功”之间。这里过去是一片无名山岭，但是地势较高，居上可以俯瞰迪化全城。清末名将左宗棠进疆平乱时，敌军占据迪化城负隅顽抗。左宗棠率大军欲全力破城，在这个山头上架起了大炮，就只打了一炮，正中敌要害，敌军全部溃败。左宗棠大获全胜后，在此山岭上建立了炮台，以作纪念，并以“一炮成功”命名炮台。黄埔军校第9分校选址于此，颇收敬仰先贤、激励志气的效用。
本分校在1943年3月开办后，设主任、副主任各1人。蒋介石委任盛世才为分校首任主任，后宋希濂等也负责过此分校。训练单位含学生总队、军官教育队、入伍生预备教育班、通信教育班、警卫营。本分校学生主要来源于从新疆14个民族的青年中招收选取，这14个民族包括汉、维吾尔、满、蒙、回、哈萨克、塔蓝旗、索伦、锡伯、白俄罗斯、塔塔尔、柯尔克孜、乌兹别克、塔吉克等族。本地青年长于骑射，秉性勇敢。国民政府认为新疆亟待开拓，内地与边疆文化应当充分交流，所以又从成都本校调部分入伍生加入迪化分校。成都本校征求学生志愿，掀起了“开发边疆”的高嘲，后批准500名学生的请求，配以全副装备，还有各兵科教官20多人随行，车运两个多月抵达迪化分校。这批师生的到来，对迪化分校教育影响甚大。成都本校来新疆的500名学生学成毕业后，均分发到当地部队中服役，不久在保卫祖国边疆的斗争中，有许多人英勇牺牲。
本分校在1944年11月8日奉命改行新制：收训步科学生4个中队，骑兵学生3个中队，炮、工、辎、通、战车等科学生各1个中队。本分校所在地，因一般民众文化水准较低，每届招考新生的水平也未能合乎原来的要求，为了继续分校的教育，乃降低标准，将原有入伍生预备班予以保留，施以相当教育，提高文化教育程度。1946年9月，本分校停办。1947年4月，第20期学生毕业后，奉命改组为第6军官训练班。本分校历届毕业生，共计有1044人。
本分校培养了大批各民族学生，培养的许多毕业生后成为国民党驻疆部队的骨干力量，参加了1949年9月25日陶峙岳将军领导的和平起义，为新疆和平解放作出了贡献。本分校毕业生后多仍在新疆工作生活，1990年成立新疆黄埔军校同学会时，该分校毕业生占大多数。2004年6月黄埔军校庆祝建校80周年时，新疆黄埔军校同学会会员有860多人，这些平均年龄83岁左右的老人，绝大多数是原分校毕业的学生。
黄埔军校各分校一览表
校别 曾用名 成立时间 解散时间 负责人 毕业人数 驻址及校名变动等情况潮州分校 19251218 192612 何应钦 728 是为军校分校之开端，驻潮州。培训两期学生。长沙分校 1926612 19287 石醉六 约500余 原称中央军事政治学校第3分校，后并入南京本校。驻长沙。南昌分校 19285 19297 刘体乾 约600余 培训一期学生。第1分校 洛阳分校 1933818 19458 祝绍周
钟彬 14798 原驻洛阳，1938年1月迁陕西南郑，3月改称军校第1分校。第2分校 武汉分校 19261027 19459 邓演达恽代英 约3万 原驻武昌，开始招收女生。
1938年迁往湖南武冈。改称军校第2分校。第3分校 成都分校江西分校 1935101 19462 李明灏彭武敭吕济 近2万 原驻成都，1938年1月改称军校第3分校，后并入本校。
1939年3月改设第3分校于瑞金。1941年7月迁江西永丰。1942年