，吴襄的儿子吴三桂是明朝的山海关总兵，手下还有几十万大军，如果把吴三桂招降了，岂不可以解除大顺政权的一个极大威胁。
李自成觉得有道理，于是叫吴襄给他儿子吴三桂写信，劝说他向起义军投降。吴三桂收到吴襄的劝降信，处在犹豫之中，向起义军投降吧，从心底是不愿意的；不投降吧，起义军勇猛善战，兵力强大，自己不是对手。同时，北京城里还有他的家属和财产，也舍不得丢掉不管。由此，他决定带兵到北京看看情况再议。
吴三桂带兵到了滦州，离北京很近了，碰到一些从北京逃出来的人。吴三桂找来一问，听说他父亲吴襄已经被起义军抓了起来，家产被抄，心里恨得咬牙切齿，后又听说他最宠爱的爱妾陈圆圆被农民起义军首领刘宗敏所占，怒气冲天，立刻下令军队全部退回山海关，并且要将士们一律换上白盔白甲，说要为君父报仇。
李自成得知吴三桂拒绝投降，就决定亲自带领二十多万大军进攻山海关。吴三桂听到这个消息，也顾不得什么民族气节了，连忙写了求援信，派人飞马出关，请求清兵入关镇压起义军。
清朝辅政的亲王多尔衮接到吴三桂的求援信，真是正中下怀，立即亲自带着十几万清兵向山海关进发。清军来到山海关下，吴三桂迫不及待地带着五百个亲兵出关迎接多尔衮，他见了多尔衮，卑躬屈膝地哀求多尔衮帮他报仇，多尔衮心中另有图谋，自然顺水推舟地答应了。
李自成大军从南面开到山海关附近。二十多万起义军，依山靠海，摆开浩浩荡荡的阵势，一眼望不到边。多尔衮从山海关城头望见起义军阵容齐整，料想不容易对付，于是就让吴三桂打先锋，叫清军埋伏起来，自己和几名清将远远地躲在后面的山头观战。
战斗开始了，李自成披挂整齐，骑着马登上西山指挥作战。吴三桂带兵一出城，起义军左右两翼进行合围包抄，把吴三桂的部队团团围住，明兵东窜西逃，总也冲不出重围，起义军个个英勇血战，喊杀声震天动地。正在双方激战的时候，不料海边一阵狂风，把地面上的尘沙刮起，霎时间，天昏地暗，对面看不见人。
多尔衮看准这个时机，命令埋伏的几万清兵一齐出动，向起义军发起突然袭击，起义军毫无防备，也弄不清是哪儿来了这么多敌人，心里一慌，阵势也就乱了。一时间，万马奔腾，飞箭如雨，农民军战败溃逃，混乱中，马匹自相践踏致死的人不计其数，尸体遍地，血流成河。
直到风定下来，李自成才在西山上发现清兵已经入关，想下令军队稳住阵势，指挥抵抗，可是已经来不及了，只好传令后撤。多尔衮和吴三桂的队伍乘势里外夹击，起义军遭到惨重失败。李自成带领将士边战边退，吴三桂和清军则在后面紧紧追赶，起义军退回到北京，兵力已大大削弱，而实力强大的清兵，已成锐不可当之势。李自成回到北京的第二天，便率领起义军离开北京，向西安撤退。
多尔衮于是带领清兵顺利地进了北京城，吴三桂因打击农民起义军有功，被封为平西王。1644年十月，多尔衮以皇太极遗言“若得北京，当即迁都，以图进取”和范文程稳扎稳打的战略，把顺治帝从沈阳接到北京，把北京作为了清朝的首都，从此开始在关内建立了它的统治。
第二年，清朝分兵两路攻打西安。一路由阿济格和吴三桂、尚可喜率领，一路由多铎和孔有德率领。李自成率领农民军在潼关抗击清军，经过激烈战斗，终于抵挡不住，被迫放弃西安，向襄阳转移。过了几个月，农民军在湖北通山县九宫山遭到当地地主武装的突然袭击，李自成战败牺牲，时年三十九岁。
李自成退出北京后，张献忠在四川称帝，国号大西，带领队伍继续抗清。到1647年，清军长驱直入，进入四川，张献忠在川北西充凤凰山的一场战斗中中箭身亡。就这样，明末两支主要的农民起义军都先后失败了。
三、史可法血战扬州
崇祯帝在煤山自缢的消息传到明朝陪都南京，南京的大臣们慌忙立了福王朱由崧做皇帝，在南京建立了一个政权，史称南明，朱由崧称为弘光帝。
弘光帝朱由崧是个迷恋酒色、不思进取的昏庸皇帝。凤阳总督马士英和一批魏忠贤的余党利用弘光帝的无能，操纵了南明政权，这些人根本没有想调集兵力抵抗清兵，只过着荒滛的生活。南明政权的兵部尚书史可法，本来不赞成让朱由崧做皇帝，但为了避免引起内部冲突，才勉强同意。弘光帝即位以后，史可法主动要求到前方去抗击清兵。
在史可法抗清时，长江北岸有四支明军，叫四镇。四镇的将领都是些骄横跋扈的人。他们割据地盘，互相争夺势力，放纵士兵残杀百姓。史可法在南方将士中威信很高，他到了扬州，那些将领不得不听他的指挥，他坐镇扬州指挥，做了督师。大家都称呼他史督师，史可法做了督师之后，以身作则，跟士兵同甘共苦，受到将士们的衷心拥护和爱戴。
没多久，清军在豫亲王多铎带领下，大举南下，史可法指挥将士顽强抵抗，打了一些胜仗。然而，此时南明政权内部起了内讧，驻守武昌的明军将领左良玉为了跟马士英争权，起兵南京。马士英于是以弘光帝的名义要史可法带兵去南京保护他。史可法明知清军压境，不能离开，但为了平息内争，不得不带兵回南京。刚过长江，传来左良玉已兵败的消息，史可法又急忙挥师江北，而这时清兵已逼近扬州。
史可法发出紧急檄文，要各镇将领率兵集中到扬州守卫。但过了几天，没有一个将领发兵来救。史可法知道，现在只有依靠扬州军民孤军奋战了。
清军一到扬州城下，多铎先派人到城里向史可法劝降，他一连派了五个人，都被史可法严词拒绝，说：“城在人在，城亡人亡，我头可断，而志不可屈。”
多铎恼羞成怒，下令把扬州城紧紧包围了起来，扬州城危急万分，一些胆小的将领害怕了。第二天就有一个总兵和一个监军带着部分人马投降了清军。这一来，城里的守卫力量就更弱了。
史可法把全城官员召集起来，勉励他们同心协力，抵抗清兵，并且分派了守城的任务。他分析了一下形势，认为西门是最重要的防线，于是亲自带兵防守西门。将士们见史可法坚定沉着，还亲自出战，都很感动，纷纷表示要和督师一起，誓死抵抗。
多铎命令清军没日没夜地轮番疯狂地攻城。扬州军民在史可法领导下奋勇作战，把清兵猛烈的进攻一次次打退，多铎见一时不能取胜，便命令军队用大炮攻城，他探听到西门防守最严，又是史可法亲自防守，就领炮手专向城墙的西北角轰击。呼啸的炮弹一颗颗在扬州城的西门口落下来，城墙渐渐塌陷，终于被轰开了一个大缺口。
军民奋力堵缺口，大批清军蜂拥了进来。史可法见扬州大势已去，便拔出佩刀往脖子上抹。随从将领赶紧抱住史可法，又夺了他手里的刀，部将们连拉带劝地把史可法保护出来，准备从小东门逃走。这时来了一队清兵，看见史可法穿的是明朝官服，就喝问道：“你是谁？”
史可法怕连累伤害别人，就高声道：“我就是史督师，你们快杀我吧！”
就这样，扬州城陷落，史可法被捕遇害，年仅四十四岁。史可法遇害后，扬州人民继续坚持巷战，同清兵顽强拼杀，他们受史可法精神的鼓舞，无一人投降，给了清军以沉重打击。
多铎因攻城的清军伤亡很大，心里十分恼恨，竟灭绝人性地下令兵士屠杀扬州百姓，连续杀了十天，几十万扬州百姓死于屠刀之下，历史上把这次惨案称作“扬州十日”。
大屠杀之后，史可法的养子史德威进城寻找史可法的遗体。最后只找到史可法穿过的袍子，埋葬在了扬州城外的梅花岭上。这就是现在还保存完好的史可法“衣冠冢”。
史可法是南明政府抗清的中心人物，史可法一死，南明弘光政权很快就灭亡了。
四、民族英雄郑成功
弘光政权被消灭后，东南沿海地区的抗清斗争还在继续。1645年6月，由明朝的遗臣黄道州、郑芝龙另立了朱聿键为皇帝，并在福州即位，历史上称他为隆武帝。
黄道州虽然真心抗清，但无奈兵权却掌握在郑芝龙手中。郑芝龙只想保存实力，不肯真正出兵抗清。后来清军进攻福建时，郑芝龙受清朝高官厚禄的引诱就投降了。这样，隆武政权也就灭亡了。
郑芝龙虽然没有气节，但他的儿子郑成功却和他相反，几次拒绝清军的引诱，决心抗清，并和他父亲断了交。
郑芝龙降清时，郑成功才二十二岁，是个青年将领。郑成功苦苦劝阻他父亲降清无效，便气愤地单独跑到南澳岛，招募了几千人马，举起了抗清大旗。
郑成功兵力逐渐发展强大起来，在厦门建立了一支水师。公元1647年，桂王永历政权建立，郑成功改奉永历年号，被封为威远侯。从此，郑成功与西南的抗清将领李定固往来呼应，成为南方抗清斗争的两大支柱。
郑成功在抗清斗争中十分注意根据地的建设，他改厦门（明代称为中左所）为思明州，设立六官分理庶政，并将全部军队分为七十一镇。在郑成功起兵抗清的十几年中，曾先后九次南征、三次北伐。其兵锋所指，清军闻风丧胆。
1659年，为配合西南的抗清斗争，郑成功再次北战，他跟抗清将领张煌言联合起来，乘海船率领水军十七万人开进长江，分水、陆两路进攻南京，一直打到南京城下，但清军用假投降的手段欺骗了他。郑成功中了清军的计，最后打了败仗，退回厦门。而这时，清军已占领福建大部分地方，他们用严密封锁的办法，要福建、广东沿海百姓后撤四十里，以断绝对郑成功的粮草供应，想困死郑成功。郑成功无论在哪里招兵筹饷，都遇到了困难，于是决定向台湾发展。
台湾自古以来就是中国的领土，明朝末年，欧洲荷兰人趁明王朝腐败无能，霸占了台湾，并修建城堡，向台湾人民勒索苛捐杂税。台湾人民不断反抗，遭到了荷兰侵略军的残酷镇压。
郑成功少年时曾随父亲到过台湾，亲眼看到台湾人民遭受的苦难，早就想收复台湾。这下，他决心赶走荷兰侵略军，命令将士修造船只，筹集粮草，准备渡海出战。
恰在这时，有一个在荷兰军队里当过翻译的何廷斌，来到厦门求见郑成功，劝郑成功收复台湾，并送给郑成功一张台湾地图，把荷兰侵略军的军事布置等情况都详细地告诉了郑成功。郑成功有了这个可靠的情报，进攻台湾的信心更足了。
1661年三月，郑成功叫儿子郑经带领一部分军队留守厦门，自己亲率二万五千名将士，分乘几百艘战船，浩浩荡荡从金门出发，越过台湾海峡，叫何廷斌给船队领航，利用海水涨潮的时机，驶进了鹿耳门，登上了台湾岛。郑家兵从天而降，打了荷兰人一个措手不及。躲在城堡里的荷军头目派了一百多个兵士向郑军冲来，郑成功一声号令，率兵士把敌军紧紧围住，杀了一个敌将，其余敌兵顿时吓得四处逃散。
荷军又调动一艘最大的军舰“赫托克”号领着三艘战舰，气势汹汹地开了过来，想阻止郑军船只继续登陆，郑成功沉着镇定，指挥他的六十艘战舰把“赫托克”号团团围住，一齐开炮，把“赫托克”号击沉，另外三艘荷兰船见此吓得调头就逃。
荷军遭到惨败，龟缩在台湾城（今台湾东平地区）和赤嵌城（今台南地区）两座城堡里不敢出来应战。他们一面偷偷派人到巴达维亚（今爪哇）去搬救兵，一面派使者到郑军大营求和，并许诺说：“只要你们肯退出台湾，我们宁愿献上十万两白银表示慰劳。”
郑成功一扬眉毛，威严地说：“台湾本来是我国的领土，我们收回这个地方，是理所当然的事。你们如果赖着不走，我们就坚决地把你们从这里赶出去。”
郑成功喝退荷兰使者后，又下令派兵猛攻赤嵌城。赤嵌的敌军还想负隅顽抗，一时攻不下来，这时一个当地人给郑成功出主意说：“赤嵌城的水都是从城外高地流下来的，只要切断水源，敌人就会不攻自乱。”
郑成功接受了这个主意，切断了水源，果然不出三天，赤嵌的荷兰人便乖乖地投降了。
盘踞在台湾城的荷军企图继续顽抗，等待救兵，准备做最后的挣扎。郑成功采取了长期围困的办法逼他们投降，在围困了八个月之后，郑成功下令向台湾城发起强攻，荷军走投无路，只好扯起白旗。1662年，荷军头目到郑成功大营，在投降书上签了字，然后灰溜溜地离开了台湾。
至此，荷兰殖民主义者侵占我国台湾长达三十八年（从1624年到1662年）的历史宣告结束。
郑成功收复台湾后，改赤嵌城为东都明京，设一府二县，府为承天府，辖天兴、万年二县，又改台湾城为安平镇。在经济上，郑成功积极鼓励发展生产，大力推行垦荒屯田，在很短时间里，使台湾的经济迅速发展起来。
郑成功为收复台湾、建设台湾呕心沥血，积劳成疾，年仅三十九岁就病逝于台湾。为纪念这位民族英雄，台湾各族人民在全岛建郑成功庙五六十座，其中延平郡王祠（又叫开山王庙）最为著名。
公元1683年，清军进入台湾，郑成功后代归顺清朝，次年，清政府设立“台湾府”，隶属福建省。
五、李定国大西南抗清
在隆武帝建立政权时，当时在绍兴还有一个鲁王朱以海建立的另一个南明政权，清军先后消灭了这两个政权后，便兵分三路向大西南进攻。当时驻守在两广的明朝官员瞿式耜等在肇庆拥立桂王朱由榔即位，年号永历，历史上称他永历帝。
1647年十一月，明将何腾蛟依靠大顺军余部的力量，在全州大败清军，瞿式耜率兵在桂林也打退了清军的进攻，南明军声势大振。但是，由于永历政权内部的不团结，导致贻误战机，湖广和广西又被清军占领。过了两年，何腾蛟兵败后在湘潭被俘，惨遭杀害，瞿式耜也在桂林被清兵攻陷后就义。随后，李定国领导的大西南农民起义军又在西南继续抗清十多年。
李定国是张献忠手下四名勇将之一，又是他的义子。张献忠的义子中最大的是孙可望，李定国是老二，张献忠牺牲以后，留下五六万起义军由孙可望、李定国率领，南下贵州、云南。后来他们派人和永历帝取得了联系，一道联合抗清。永历帝封孙可望为秦王。但孙可望却不把抗清这件大事放在心上，他把永历帝牢牢控制在手里，在贵阳作威作福，独断专行。
李定国却一心准备抗清，他在云南花了一年时间训练了三万精兵，加紧制造武器盔甲，又找了一批能够驯服大象的人，组成了一支象队，经过充分准备之后，李定国出兵进攻清军，他的军队士气高涨，军纪严明，从云南、贵州一直打到湖南，连战连胜，收复了几座重镇。
接着，又兵分三路进攻桂林。驻守桂林的清军主帅孔有德几次派兵迎战，但双方还没有交战，清军士兵就吓得四下逃散。孔有德不得不亲自带兵督阵到严关和明军对垒。李定国大军一到，前面是高大威武的象队，后面是雄气昂扬的士兵，大象阵的怒声吼叫，把清军战马吓得到处乱窜。忽然天又下起大雨，电闪雷鸣，象群趁势一冲，清军大败而逃，明军奋勇追击，杀得清军一败涂地。
孔有德撤进桂林城，紧闭城门。李定国把桂林城紧紧包围起来，日夜猛攻，明军乱箭如雨，在城墙上防守的孔有德前额中了一箭，孔有德见大势已去，便放起一把火，投到火里自杀了。
永历帝得到李定国大胜清兵的捷报后，非常高兴，下令封李定国为西宁王。接着李定国又带兵打下永州、衡阳、长沙，逼近岳州。清廷大为震惊，连忙派亲王尼堪带兵十万反攻长沙。李定国得到这个消息，便主动撤出长沙，而在到衡阳的路上设下伏兵，准备打清军一个措手不及。尼堪亲自率兵追击，中了明军的埋伏，清军被打得落花流水，狼狈不堪，?br />