，整顿兵马，修缮城池，使山海关一线的防务稳定下来，金帝皇太极一看在山海关无机可趁，决定从别处入关，一者马蚤扰内地，再者找机会设计除掉袁崇焕，去掉这一危险对手。
崇祯二年十月，秋高马肥之时。后金10数万精兵分道由龙井关、大安口入犯，连下遵化等名城。山海关总兵赵率教回师救援，全军覆没。正在宁远的袁崇焕闻警兼程回救，屯于通州。但金兵绕开袁崇焕，直扑北京。
面对气势汹汹的金兵，京师守卫益显薄弱，思宗心中忐忑不安。待闻袁崇焕率师赶来才放下了颗悬着的心。他任命大将满桂为武经略，总理各镇援兵、保卫京师。满桂与袁崇焕分屯于安定门和广渠门，打败了敌人的数次进攻。思宗为此召见了袁崇焕，他向袁崇焕表示慰劳，并解下自己的貂裘赐给他，袁部下将领皆得到赏赐。袁崇焕向思宗表示一定要尽快赶走敌人。十一月底，东便门之战，袁崇焕大破金兵，自己的兵力也损失过半，又因补给不及时，袁兵疲劳已极，要求入城稍做休整。就在这时，情况突变，思宗中了皇太极的反间计。
皇太极曾在北京城下俘获两个太监，他让营中广泛宣传与袁督师有约在先，袁督师让路让我们来打北京。故意让两个太监听到，然后放了他们。太监回到宫内便把这个消息报告了思宗。本来思宗对袁已心中有气，倡言5年复辽击贩金兵，现在辽东未复却把金兵引到了家门口，听太监一说，心中不免起疑，袁是不是与金真有勾结？思宗越想越觉得有可能，就在十二月一日召对时逮捕了袁崇焕，袁部在城外遂大溃，后为孙承宗收抚。孙承宗接替袁崇焕的职务。十二月中旬满桂战死，孙承宗督率各镇援兵力战克敌，解了京师之围。后金兵在畿内大肆抢掠，到次年四五月间，金兵才退出关外。
后金兵退走后，思宗愈感袁崇焕有负他的厚望，怒气难消，于是下令将袁崇焕凌迟处死，从而自毁了长城。
二、镇压起义损兵折将
明末农民起义军自天启中期大规模爆发后，规模越来越大。在袁崇焕出关抗御清兵，边防形势好转后，崇祯任命洪承畴任三边总督，加紧了对农民军的镇压，陕西义军王嘉胤、张献忠、李自成、罗汝才等部在明军的压力下先后离开了陕西，东渡黄河、进入山西。山西饥民群起响应，全省震动。洪承畴迅速派悍将曹文诏、马科、曹变蛟等人统兵追入山西。起义军闻讯东越太行进入畿辅平原地带，所向披靡，直接威胁到京师的安全。为解畿南之危，明廷调集大军3万余人，在崇祯六年（公元1633年）冬天，将义军包围在豫北。为了摆脱困境，起义军诈降明廷，使明军停止了进攻。待十月底，黄河结冰，义军遂出其不意溃围而出，南渡黄河进入中原，分道直扑安徽、湖广、四川。农民起义从局部问题变成了明廷的心腹之患。
怎么对付这种形势，思宗一筹莫展。大臣们提出，农民军之所以没有被消灭于畿南就是因为事权不一，明军各自为战、步调不一致，各怀观望，不肯用命。建议朝廷设立总督，统一指挥。思宗同意这个意见。可是，这个总督让谁当呢？洪承畴这时已调防辽东肩负边防重任，“未可轻易”。过了数月，有人推荐了延绥巡抚陈奇瑜总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务，总办剿灭义军军事。
崇祯七年（公元1634年），陈奇瑜集中各路明军在湖北打了几个胜仗，将义军赶回陕西。义军在向陕西退却的路上误入汉中栈道险区，被明军包围在车厢峡，进入死地。义军又采用伪降手段，派人以重金贿赂陈奇瑜手下将领，陈奇瑜认为可以不费吹灰之力收服义军，主张招抚，得到思宗批准。义军走出死地后，立刻又砍杀官军重举义旗。思宗羞恼成怒，下令将陈奇瑜下狱治罪，调洪承畴接任五省总督。崇祯七年底义军返回河南，次年正月打下朱元璋的老家凤阳，掘了朱家的祖坟。
凤阳失陷的消息传到北京，思宗在群臣面前痛哭流涕。他觉得自己对不起苍天，对不起祖宗。一连几天，他布衣角带避殿办公以表示自己的痛苦，亲赴太庙，祭告祖宗，同时发布《罪己诏》引咎认罪。但思宗不甘心失败，他严令吏兵二部追查凤阳失陷的原因，凤阳巡抚杨一鹏被逮捕处死，一大批有责任官员被遣戍。随之，又调发拼凑了7万官兵，拨军费100多万两，限洪承畴6个月之内荡平义军。
洪承畴在皇上的催督下提兵入河南。义军避开明军又回到陕西，消灭了明军艾万年、柳国镇部。李自成在真宁消灭了明军精锐曹文诏部。高迎祥等则继续在中原活动。为了应付这种局面，思宗又起用卢象升总督直隶、河南、山东、四川、湖广等处军务，与洪承畴一个西北，一个东南，分区剿灭义军。到崇祯九年正月，六个月期限将过，东南、西北两路皆无捷报。思宗一面给洪、卢二人施加压力，一面下达大赦令，表示赦免起义农民，企图分化瓦解农民军。
崇祯九年五月，卢象升会合洪承畴在周至地区击败高迎祥所部，生俘了高迎祥。明军乘胜收降了张妙手、蝎子块等部。李自成也在明军追击下离开陕西进入宁夏、甘肃。一时间，出现了天下将平的征兆。可是，好景不长，只不过几个月时间，李自成又死灰复燃，领兵从甘肃直扑四川，烽烟再起。张献忠、罗汝才复又驰聘于中原，天下马蚤乱如故。
崇祯十年三月，思宗起用宣大总督杨嗣昌为兵部尚书，委他负责内外军政。对于剿灭农民起义，杨嗣昌提出“四正六隅”十面张网的战略。由总督和总理分别统兵，各负其责。总督由洪承畴担任，总理则是杨嗣昌推荐的两广总督熊文灿，嗣昌居中调度。整饬兵马，期以三月消灭全国农民起义。
增兵就要增饷，根据杨嗣昌的计划，增兵12万，增饷280万两。280万出自何方，当然还是百姓。想到再次加派，思宗不禁大费踌躇。正在这时，有一个在京考选的知县在召对时慷慨陈词，说百姓之困，皆由吏之不廉，不在于加派与否。守令只要廉，再加一些也无妨，这个知县深知思宗最恨贪污，最急兵饷，因此投思宗所好，以求大用，思宗果然龙心大悦，认为此人来自地方，知地方弊病，他说加派无妨，可见加派还是可行的。过了几天，思宗便发下诏令，说：“不集兵无以平寇，不增饷无以养兵，着勉从廷议，暂累吾民一年。”这就是剿饷的加派。崇祯十二年，杨嗣昌又以兵弱不可用，请增练边兵以成劲旅，于是又加练饷，剿饷练饷总共1000万两，加上辽饷，加派达170余万两。远远超过正赋之数，民间由此私自呼崇祯为“重征”。这更给燎原的农民起义火上浇油。
本来明军在首辅杨嗣昌的调动下，崇祯十一年在剿灭农民军方面取得了很大进展。在江淮地区，总理熊文灿招降了张献忠，小股农民军投诚者颇多。西北方面，总督洪承畴、陕西巡抚孙传庭穷追猛打李自成。在十一年底将李自成部荡平，李自成逃进了深山。
但在重重加征之下，人民水深火热无法生存，崇祯十二年（公元1639年）五月，张献忠不得不再叛于谷城，一时诸降明农民军皆云起响应，攻城掠地，天下又趋大乱。
思宗无将可派万般无奈，只好对杨嗣昌寄予厚望，让他亲临前线督师，以遏制农民起义军的燎原之势。
杨嗣昌到达军中，在襄阳建起大本营，积蓄粮草兵杖，整顿士卒，誓师扑灭张献忠。杨的“剿贼”实际上是“赶贼”。他想把张献忠赶到四川去，然后封闭四川加以围攻，因此他督军跟在张献忠屁股后面鼓噪，却不积极进攻。四川的军队又被杨嗣昌调了出来，张献忠乘虚入川，连下重庆等几十个州县，思宗急令嗣昌跟踪剿灭。待嗣昌赶到四川，张献忠却虚晃一枪返头又折回湖广，直奔襄阳。就在这个时候，李自成在陕西复起，率领18骑出现在河南，饥民从者如流，旬日众至10万。崇祯十四年正月李自成打下洛阳，杀思宗亲叔福王，其子由崧逃往江淮。思宗刚得到洛阳失陷之报，张献忠又已攻下襄阳，活捉了襄王。张献忠端起一杯酒对襄王说：“请亲王痛快地喝下这杯酒。我要借殿下的人头杀掉杨嗣昌。”遂杀襄王，一个月中间连失两个亲藩。洛阳福王聚敛金银无数，襄阳杨嗣昌积蓄的军马兵仗又全被农民军缴获。时谓“洛阳国帑，襄阳军资”全归了张李。杨嗣昌知道自己的死期就要到了，思宗不会饶过他，与其被诛于西市，不如自裁，遂在军中服毒自尽。崇祯十四年九月，明原兵部尚书、陕西总督付宗龙在与李自成起义军作战中又兵败被杀于顶城，明军精锐人马损失净尽，河南的州县也几乎全部被农民军攻占。到崇祯十五年二月，继任的陕督汪乔年也被李自成打败杀死。这时张献忠起义军攻占了湖广四川绝大部分地区。在辽东方面，洪承畴13万大军在朝廷一味催战下又陷入清军重围，到崇祯十六年二月，坚持一年的明军全军覆灭，明王朝山海关外军事要地尽失，清军又将兵锋指向关内。
大厦将倾。崇祯十六年春，李自成在襄阳建立了他的政权，准备加紧夺取全国政权。同年，张献忠在武昌建立了大西政权。接着挥师挺进四川，崇祯十六年九月，潼关之战，孙传庭兵败身死，思宗手中最后一支生力军也丢掉了。李自成又乘胜夺取西安，建立大顺国，据有了明王朝的半壁江山。
崇祯十七年正月初一，李自成誓师伐明，亲率40万大军渡河东征，直扑北京。面对天下的四分五裂，李自成的猛烈进攻，思宗已经无能为力了。
三、回天无术上吊煤山
严重的内忧外患把思宗搞得焦头烂额，精疲力竭。眼看着满朝文武结党营私，全不以帝国的命运为重，他非常苦闷。自崇祯十五年后，宫中人等都感到思宗的性格越来越多疑、乖僻、暴躁、易怒，常常表现出不可控制的神经质，他快要支持不住了。皇冠给别人带来的是权势、荣誉、享乐，而给他带来的却是痛苦和劳碌。
思宗自奉节俭，由于国家财政困难，他多次减少皇室的开支。皇帝和后妃的衣服本来是穿一次就要换，后宫库内堆积如山的箱子里盛的就是历代帝后的衣物。思宗觉得这样太浪费，他自己带头穿经过浆洗的旧衣。周皇后有时还亲自动手洗衣。为他讲课的大臣曾看到过他衬衣袖口磨烂，吊着线头。宫中旧有的金银器皿皆摒而不用，也不再制造新的，到最后，许多金银制品都拿到银作局化掉充饷了。思宗当政17年，宫中没有进行过任何营建，节省了大量经费。他有时晚上看奏章到深夜，肚子饿了就让太监拿几个零钱去买点宵夜。宫中原有的大批宫女，思宗亦大批遣出宫去。
思宗的勤政超过任何帝王，工作起来不分昼夜。平时，白天在文华殿批阅章奏，接见群臣，晚上在乾清宫看奏章，军情紧急时他连续几昼夜不休息。
思宗没有特殊的嗜好，吃穿用住概不讲究，狗马声色统不沾身。他登基之后，有天晚上在文华殿批奏章，忽然闻到一股特殊的香味，随之觉得血液，阳兴思春。他觉得奇怪，仔细搜索殿内，最后发现一个小太监坐在大殿角落里，香味是从他手中的那柱香中发出的。经过盘问，才知道这是宫中旧规，那香是特殊秘方配制的。由检感叹父兄皆为此香所误，立斥内侍毁掉秘方，再也不许制造使用。思宗的嫔妃很少，这与历代君王夺天下女儿以自奉的情况比较起来，堪称天壤。
崇祯十七年（公元1644年）正月初一，京城大风，黄雾满天、黑气沉沉，凤阳祖陵又发生了地震。京师人心惶惶，人们都预感到明帝国的末日来到，朝中有的官僚已开始为自己谋求后路了。
正月初十，李自成逼近京师的消息传到了京城。思宗手拿奏疏，浑身颤抖、痛哭流涕地说：“朕非亡国之君，事事皆亡国之象。祖宗天下一旦失之，何面目见祖宗于地下。朕愿督师亲决一战，身死沙场无恨，但死不瞑目耳！”听到思宗要亲自出马，陈演等大学士一个个报名请替，李建泰尤其迫切。李家住山西曲汪，为地方巨富。他表示愿出私财饷军，在山西建立武装，抵挡李自成的进攻。思宗大喜，当即决定李建泰以督师辅臣身份“代朕亲征”。
正月二十六日，思宗行隆重的遣将礼，然后在正阳门城楼上摆上宴席为李建泰饯行。思宗亲自用金杯赐李三杯酒，过后又拿出自己亲笔书写的《钦赐督辅手敕》交给李建泰。在敕书里授给李建泰莫大的权力：“行间一切调度赏罚俱不遥制。不论何人，只要不服从李建泰便可以尚方剑从事。”李建泰分外感激，誓以死报。饯别后，思宗站在城楼上久久地望着李建泰远去的征尘，他把天下安危之重任全部寄托在李的身上。
可是，李建泰刚出京，轿框就折了，朝野上下皆以为不吉利。此时，北京城外好像已不是明朝的天下，李建泰处处受阻，沿途州县根本不供给吃用。到了河北定兴，县令竟不许进城。待闻知李自成的大顺军已过黄河时，李建泰慌忙撤退，带领几百名亲军进了保定，不久就在保定投降了大顺军。
李建泰出师山西后，北京城守怎么办？全国已无兵力可抽，只好抽调在宁远的总兵吴三桂了。正月十九日，思宗指示调吴三桂回来。但吴三桂一撤，就等于将关外之地拱手送给了清王朝。大学士们深知弃地意味着什么，也深知思宗思想易反复，爱诿过，故都不敢承担责任。首辅陈演以各种借口拖延，多次召集大臣会议，研究吴三桂内撤后，边民怎么安顿，费用怎么出，山海关怎么守，一直拖拉到二月底，吴三桂还没撤。三月初，大顺军已经拿下山西，逼近北京。思宗急了，才下令封吴三桂为平西伯，率军入关拱卫京师，但这时已缓不济急了。
随着京师日益危急，思宗拼尽气力支撑局面。崇祯十七年二月，户部便告称国库已经空空，为了应付眼前的困难，思宗下令勋戚、在京的百官捐助，以纳银3万两为上等。朱由检派太监去找皇后的父亲周奎，让他拿12万，为百官做个榜样。周奎不答应，只拿1万，太监含泪而去。朱由检听了再次派人让他拿2万。周奎暗中向女儿求救，周后给了他5000两，他扣下2000两，只上交了3000两，可后来大顺军从他家抄出现银50多万两。思宗嫂子张皇后的父亲张国纪拿了2万，晋封侯爵。文武百官捐助的只不过几十两、几百两而已。思宗看收不上来，便实行摊派，按衙门收。后来又按籍贯收，规定8000两、4000两、3000两不等。太监也奉命捐助、平时最富的太监如王之心等人此时也大大哭穷。折腾了一个月，共得银20余万两。而大顺军进城后从文武百官、太监贵族那儿共得到2000余万两金银。
在这种急转直下的形势下，思宗两次发表《罪己诏》，向天向臣下百姓表示承担一切罪责，下令停征一切加派，企图稳定民心，鼓舞士气，作困兽斗。但是，这时候的空言已经毫无意义。
三月十五日，大顺军进攻居庸关，守关的唐通和太监杜之秩投降。三月十六日打下昌平，当天便有部队到达北京城下。
此时的北京城乱成了一锅粥。京军在城外溃败，城上守者有太监亦有官军，号令不一，兵部、五军都督府、还有太监各自为政，谁也管不了谁，没有个统一指挥。城上兵士吃不上，喝不上，士气低落。太监们回报思宗，思宗也没有办法。
三月十八日，李自成派投降的太监杜勋去与思宗谈判，提出双方中分天下，思宗拿出800万两白银犒军，双方罢兵言和。守城太监曹化淳、王德化将杜勋带上城来，杜勋对思宗说明了来意。思宗当时未表示意见。他根本不想投降，但又不想放弃这个拖延时间的机会，于是令亲信太监与杜谈判，希望拖到各地勤王兵到来解围。可是，李自成不想再等了。三月十八日晚上，农民军大举攻城，曹化淳打开城门迎降，李自成占领了外城。
思宗听到外城陷落的消息，知道大势已去，他率领宫内一群太