等部都是有事不奏，嘉庆随即把有关官员交到都察院论罪议处。
嘉庆亲政伊始，他的老师朱珪曾向他提议要身先节俭，崇尚清廉，嘉庆后来对这一点始终比较注意。以往各省官员进京觐见皇帝时，按照俗例都要进呈贡物。官员们为了给自己邀宠求荣，竞相奉珍宝古玩，花样不断翻新。嘉庆四年，嘉庆在惩办和珅的同时，通谕内阁说：地方官员们操办的各种贡物，难道是自己掏腰包？想必都是从州县以下层层敲榨而来。官员们不断剥取于民间，百姓们怎能承受得了！况且呈献上来的古玩珍宝，饥不可食，寒不可衣，真是不如粪土。从此以后，凡是进呈违禁宝物的官员，都要予以惩处，决不能轻恕。他得知上年底由叶尔羌解运进京的大块玉石正在运送途中，随即传下谕旨，不论这些玉石运到了何处，都要放弃在当地，无须继续前行。同年，嘉庆还废除了年节时分大臣们进呈如意的规矩。他讲道：“年节时节大臣们进呈如意，是为了取意吉祥，我觉得这没有多大意义。大臣们觉得那些东西是如意，而我看上去反倒不如意。”
为了遏制奢侈之风，嘉庆身体力行，带头倡导节俭。在乾隆多次巡游地方时，各地官员为他修建了许多奢丽的行宫，嘉庆觉得这实在是过于铺张浪费。他认为，各地的行宫只是为了休息一宿而已，用不着刻意修饰。从经济上看，一处行宫若能省下三四万两银子，10处可就是三四十万两了。嘉庆十四年，嘉庆在巡幸五台山之前特地打了招呼。要求地方官员在途中不得大肆铺陈，务必追求俭朴。同年，在庆祝他的50大寿时，嘉庆下令不准在民间广陈戏乐，巷舞衢歌。御史景德为了讨好皇帝，奏请祝寿期间京城演戏10日，以后作为定例，立即被嘉庆革掉了职务。嘉庆就此向大臣们指出：“我发现前代在这种场合的表现比较奢侈，总是要欢宴聚会，上演好多天的戏曲。我心里鄙薄这些做法，并将此作为自己的鉴戒。倘若我忘记了民间疾苦，奢侈地操办庆典，做臣子的应该上书劝谏，这是爱君之道。现在景德竟然向我提出这种建议，他把我当成了什么样的君主？”
对于众百姓的苦难处境，嘉庆是有所了解的，官逼民反的现实更使他心有余悸。对于他来说，缓和尖锐的社会矛盾，安定百姓的生计，刻不容缓。乾隆中叶以后，随着国家的由盛转衰，政治腐败，经济拮据，广大的农村中，连年水旱，灾害频仍，严重地威胁着农业生产和人民生活。对此，嘉庆告诫地方官员，灾情发生后要予以高度重视，认真抚恤灾民，即使花钱再多，也不要吝惜。事实证明，嘉庆在灾区赐赈蠲租时，的确没有吝惜金钱。在治理黄河的工程上，嘉庆更是耗资钜万，前后动用了4000多万两白银，自雍正朝以来，每年治河的工料费一般是60万两白银，从嘉庆十二年（公元1807年）起，嘉庆将工料费骤增到每年160万两。他还屡次对吝惜费用而延误治河工程的事情提出批评。非但如此，嘉庆对治河工程也提出过一些合理的见解。他认为，治河的关键是要保证入海口地段畅流无阻。黄河以前出事，大多是由于入海口地段淤塞，下壅上塞，酿成灾患。因此，他多次提醒治河官员要注意这几点，认真组织民工挑挖疏导。
本来，由于国家积衰日久，国家积蓄并不富足，加上在镇压农民起义、治河、赈灾等方面又有很大开销，使财政更加吃紧，这便迫使嘉庆想方设法，开源节流。他下令裁减了一部分常备兵，节省军事开支。同时，继续实行捐纳制度。不过，嘉庆始终认为开捐决非良策，不过是损下益上之举，准备在川楚白莲教起义平定之后就予以停止（事实上，他并没有做到这一点）。对于增加盐价、赋税折银浮收之类的做法，嘉庆的态度基本上是否定的，他表示，食盐是人民生活日用品，一旦增加盐价，则人人都会受到扰累，因此对之要慎重考虑。赋税折银浮收会对国家财政收入有好处，但百姓要深受其害，贪官污吏又可以从中大做手脚。嘉庆十四年，闽浙总督阿林保奏请漕粮加折收纳，结果遭到嘉庆的一顿痛斥。清朝入关以来，八旗兵都驻扎在北京和其他大城市，依靠粮饷过活。八旗人口不断增加，而兵有定数，饷有定额，结果逐渐产生了一大批闲散旗人。清政府又不允许他们从事各种生产活动，这批闲散旗人整日无所事事，游手好闲，吃喝玩乐，成为毫无自立能力的蠹虫。为了维护他们的生计，清政府不得不多次赏赐银两，增加兵额，背上了一个沉重的经济包袱。嘉庆经过筹划，决定将一批闲散旗人送到地旷人稀的关外，由官府拨给他们土地，他们可以把土地出租给佃户开垦，也可以自己耕种。但这些八旗子弟早已习惯于恣情享乐的城市寄生生活，如今连受领土地、坐收租息也不愿意，嘉庆的移垦措施最后只能以失败而告终。
三、镇压起义闭关锁国
前面说过，嘉庆即位时，社会矛盾尖锐，农民起义不断发生，就在嘉庆元年（公元1796年）他刚附登上皇帝宝座，就爆发了震撼全国的川、楚、陕白莲教大起义。白莲教是唐末以来流传于民间的一种秘密宗教，当时在川、楚、陕等地相当盛行。白莲教的教义宣传世界上存在着明、暗两种对立的因素，它们分别代表善良、合理和罪恶、不合理，两种因素一直进行斗争，但最终光明一定会战胜黑暗。白莲教的教徒都自认是“无生老母”的儿女，应当同生死，共患难。灾难深重的贫苦百姓为了寻找精神上的寄托，纷纷加入了白莲教。与现实相联系，白莲教徒们提出了“清朝已尽”、“日月复来属大明”等口号。清政府发现白莲教的发展对自己的统治构成了威胁，下令严拿白莲教徒，地方上的贪官污吏趁机掀起了一股敲榨勒索百姓的歪风。比如四川达州知州戴如煌，派出5000多名衙役，以搜捕白莲教为名，肆意搜刮民财，弄得当地民不聊生。湖广武昌府同知常丹葵，在缉拿自莲教徒的过程中，暴虐贪横，残害百姓。对人稍有怀疑，就动用酷刑，将人钉在墙壁上，或者用铁锤猛敲身体，令人肝胆欲裂，痛不欲生。在其他地区，这些现象也不少见。于是，小规模的白莲教起义不断发生。这次川、楚、陕白莲教起义首先在湖北宜都、枝江两县爆发，接着迅速扩大到襄阳，长乐、长阳等地，四川、陕西的白莲教组织也纷纷起义响应，自莲教起义的烈火汇聚成一片，声势浩大。起义军依靠广泛深厚的群众基础和川、楚、陕险恶复杂的地理形势，与清军周旋作战，摆疑阵、设埋伏、攻城池，机动灵活，行动飘忽，多次挫败了清军的围剿。
川、楚、陕白莲教大起义使太上皇乾隆极为震惊，他命令川、楚、陕各省的督抚将军率军全力镇压境内的起义军，并陆续抽调八旗兵和各省的绿营兵参战。然而几年下来，虽然投入了大量兵力，耗费了7000多万两饷银，白莲教起义的烈火却仍持续燃烧。这除去起义军方面的骁勇善战之外，在很大程度上与清军的腐败堕落有关。清朝军事力量的两大支柱八旗和绿营到此时已经严重丧失了战斗力，军纪腐败不堪。士兵们平素敲榨百姓、抢掠财物时无所不能，与起义军交锋时却毫无斗志，畏缩不前。军中将领侵吞军饷、贪赏冒功、懦怯避战的现象更是屡见不鲜。白莲教起义爆发后，在京的八旗将领曾一度踊跃请缨参战，但他们率军到了前线却只顾四处搜刮财物，根本不听军令约束，以致前线的清军将帅叫苦不迭，请求嘉庆赶快将这批京兵撤回去，以免影响作战。无奈之中，清政府只得组织地方武装乡勇团练来加强镇压白莲教起义的力量。乡勇不是国家正规军，受到八旗和绿营的歧视。作战时乡勇被推到前面作替死鬼，战事结束后各种功劳却又没有他们的份，乡勇对此心怀不满。这样反复围剿的结果，只能是徒自劳师靡饷。
嘉庆面对征剿不力、烽烟不息的形势，忧愤交加，寝食不安。亲政之后，他在总结以往经验教训的基础上，立即着手调整对付起义军的对策，嘉庆四年（公元1799年），他惩治了和珅、戴如煌、常丹葵、胡齐仑等人，把“官逼民反”的罪责都推到了这些贪官污吏身上，借以平息民愤。他通谕清军将领，指出以往有的将领不以军务为重，投机钻营，冒功吞饷，今后对这些弊端要坚决杜绝。为了改变各路清军不相统属、作战行动难以协调的局面，嘉庆任命勒保为经略大臣，统一指挥川、楚、陕、豫、甘五省的军队。勒保在职的半年里，局势未见好转，嘉庆遂将勒保逮捕治罪，以明亮接管经略事务。明亮也是乏力回天，嘉庆又将明亮撤职代之以勒登勒保。在半年之内，嘉庆三次更换经略大臣，可见他镇压起义军心情的迫切。此外，嘉庆还严惩了一批作战不力的统兵大员。永保、景安、秦承恩、惠龄等人因为“纵贼”的罪名，或者被定为死罪，或者被遣戍边疆，或者被降级调用。以往运转不灵的清朝军事机器，在嘉庆的操纵下开始加速运转起来。
太上皇乾隆镇压白莲教起义一味实行军事围剿。嘉庆从几年的实践上看出这种做法并不能完全解决问题，于是采用了剿抚兼施的两手策略。嘉庆宣布“但治从逆，不治从教”，即对白莲教的活动不予禁止，但对白莲教起义军要坚决镇压，嘉庆几次下诏，允许一般起义军将士投奔朝廷，凡能擒获起义军首领归顺的，都可受到赏赐，临阵投降，或者是自行逃散的，也可以放归乡里，安排生计。可是嘉庆的招抚政策并没有收到预期的效果，白莲教起义军将士同仇敌忾，即使在作战不利的形势下也是咬紧牙关，浴血奋战，决不轻易向朝廷投降。这使得嘉庆感到非常恼火，他于是采用了坚壁清野政策。这项政策早在白莲教起义初期曾由明亮等人提出过，当时未被乾隆重视。嘉庆在亲政之后对这项政策加以充分肯定，下令在川、楚、陕、甘等地广为推行。坚壁清野的主要内容就是在起义军出没地区四处合并村落，修建堡垒，在山区扼险结寨，在平原地区掘壕筑堡，将百姓都驱赶到堡垒之中，清查户口，限制人员出入，强行隔断起义军与贫苦百姓的联系。寨堡四起之后，嘉庆又积极组织团练乡勇，扩大地主武装。他下令军中努力纠正以前的做法，不得歧视团练乡勇。凡乡勇立功、阵亡者都要同正规军一样对待。嘉庆推行的这些措施给白莲教起义军造成了严重威胁，起义军在人员的补充、给养的供给等方面都面临许多困难，游击作战四处受阻，清军在战场上逐渐占据了优势。
嘉庆九年（公元1804年），白连教大起义被镇压下去了。这次起义历时近10年之久，起义军纵横川、陕、楚、豫、甘5省，抗击了清政府从16个省调集的军队，使清政府耗费饷银2亿两，严重地动摇了清朝的统治基础。从此，清王朝陷入了武力削弱、财政窘迫的困境，嘉庆的日子愈发难熬。
就在川、楚、陕白莲教起义方兴未艾之际，湘、黔一带的苗民起义又掀起了澎湃的波澜。虽然起义规模较小，但此起彼伏，相互呼应，一直坚持到了嘉庆十二年。
嘉庆十八年，北方大地又涌起了农民起义的风云，李文成、林清等人领导的天理教起义爆发了。天理教是白莲教的一个支派，它的教徒按八卦名称分股活动，所以也称为八卦教。川、楚、陕，白莲教起义失败后，天理教首领李文成、林清等人积极活动，秘密组织反清起义。嘉庆十八年九月，河南方面不慎泄露了起义的机密，李文成身陷囹圄，河南滑县的天理教徒遂提前举行起义，救出了李文成。直隶的长垣、东昌，山东的曹县、定陶随之也接连起事。嘉庆闻讯后急忙饬令直隶总督、河南巡抚率军前去镇压，可他万万没有想到，起义军战士竟然打进了北京皇宫！九月十五日，林清组织的一部分起义军化装潜入了北京城，然后按照原定计划，在内线太监的引导下分别由东华门和西华门闯进了宫中。他们白布裹头，高举“大明天顺”、“顺天保民”的大旗，奋勇冲杀。至今，隆宗门的匾额上还留有当年起义军射上去的一个箭镞。在起义军战士的喊杀声中，正在宫中南书房的皇次子昱宁和几个亲王慌忙组织侍卫抵抗，接着又有大批官军从神武门入宫，势单力薄的起义军战士经过一番苦战，抵挡不住优势敌人的攻击，进攻皇宫的战斗失败了。
宫中发生激战时，嘉庆正在承德避暑山庄。得到消息后，他震惊不已，马上急匆匆地赶回了北京。他颁布了“罪已诏”，惊呼这次事件“变生肘腋，祸起萧墙”，实在是旷古奇闻。紧接着，他下令严密搜捕林清等人，将林清诱捕处死。同时，又调集各路清军，对河南李文成领导的起义军进行血腥镇压。十一月，李文成在林县司寨被围，壮烈战死。天理教起义的火焰被扑灭了。
此时的清王朝不仅内乱不休，而且外患迭至。嘉庆当政时期、英、法等资本主义国家已先后完成了工业革命，正积极向东方拓展势力，古老的中华帝国成了西方殖民者觊觎的重要目标，商人、传教士、炮舰、鸦片纷纷涌来。对于西方殖民者对华的军事挑衅，嘉庆始终保持了高度的警惕。嘉庆十年，英国四艘军舰以为货船护航为名，闯到澳门和广东口岸，嘉庆立即令两广总督要密切注意英国人的动向，不准其自由行动。嘉庆十三年，英国又借口帮助澳门的葡萄牙人抵御法国人，派军队在澳门登陆，随后有3艘军舰闯到黄埔，200多名英国士兵和水手进驻了广州13个行商馆。面对英国人如此嚣张的行动，嘉庆以日传500里的特急军令，指示广东地方官员迅速整饬军备，在英国人面前要态度强硬。若英国人敢于违反约束，对他们将不惜动用武力剿办。广东的督抚大员吴熊光、孙玉庭措施不力，表现软弱，嘉庆毫不犹豫地革掉了他们的职务，并一再嘱咐继任官员到任后对涉外问题要悉心筹划，不能大意。嘉庆二十一年，发生了颇有点滑稽色彩的阿美士德使团事件。这一年，英国派遣阿美士德率领一批人，带着一些外交、商务上的要求来到北京，要求觐见嘉庆，嘉庆允诺予以接见，但就在接见之前，清朝官员与阿美士德等人在觐见礼节上发生了争执。清朝官员把阿美士德使团当作贡使对待，而英国人坚持不行三跪九叩大礼，双方形成了僵局。嘉庆十分生气，下令把英国使节立即遣送回国，负责接待的一班大臣也被严加议处。
另外，鸦片这时已开始危害中国。鸦片本来是作为药品输入中国的，开始输入量也不多，直到雍正中期每年也就200来箱。但自清中期以来，西方殖民者为了扭转在对华贸易中的不利地位，赢得巨额利润，开始不择手段地将大批鸦片运进了中国，乾隆时已达到每年4000箱左右。鸦片的大量输入使中国国内财政、军事、人民生活等方面都受到严重损害，嘉庆对此认识得相当清醒，采取了多种戒烟措施。嘉庆规定，外国货船来华贸易时，在澳门要受到检查，并要由行商出具保证书，保证船上没有夹带鸦片。在内地，嘉庆多次下令严厉打击鸦片贩子，禁烟不力的官员必须受到惩处，那些吸食鸦片的人也要被治罪。
对于西方传教士在华的活动，嘉庆也予以多方限制。嘉庆十年（公元1805年），一个名叫德天赐的西方传教士不听清政府的禁令，在内地刊书传教，结果被嘉庆下令押到热河加以囚禁。同年，嘉庆还下令销毁了一批西方传教士的经卷，惩处了对西方传教士约束不严的内务府大臣。嘉庆十六年，嘉庆又下令，在华的西方传教士，除了在钦天监负责天文观测的以外，其余的都送到广州打发回国。
嘉庆在位的20多年，清王朝中兴的局面并没有出现，而嘉庆却在不知不觉中走到了生命的尽头，嘉庆37岁时才登上皇帝宝座，称帝之后，他很早就开始考虑嗣位者的问题。在他的5个儿子中（长子夭折），他最中意的是皇次子旻宁。嘉庆四年，旻宁被定为皇储。嘉庆二十五年七月，嘉庆前往热河行猎，中途中暑，身体状况突然